W obszarze Natura 2000 nie wszystko podlega takiej samej ochronie – to jedno z najczęstszych nieporozumień dotyczących Natury 2000.
W obszarze Natura powołanym na mocy Dyrektywy Siedliskowej (obszary PLC i PLH) podlegają ochronie:
W obszarze Natura powołanym na mocy Dyrektywy Ptasiej (obszary PLC i PLB):
Jeśli bierzemy po uwagę inne gatunki roślin i zwierząt lub populacje ptaków w obszarach PLH, to wtedy gdy stanowią one „typowe elementy siedliska”. Jest to pożądane, szczególnie gdy stwierdzamy występowanie w obrębie siedlisk przyrodniczych gatunków chronionych, rzadkich i/lub z czerwonych list gatunków ginących – jednak same w sobie nie są one przedmiotem ochrony w myśl Dyrektywy Siedliskowej. Korzystają natomiast z ochrony w trybie Dyrektywy Szkodowej oraz krajowego prawa ochrony przyrody i wcale nie znaczy to, że możemy je bezkarnie niszczyć.
Co więcej, informacją o wartości przyrodniczej obszaru jest sporządzony dla niego Standardowy Formularz Danych (SDF - Standard Data Form), do którego z chwilą sporządzania oceny oddziaływania obligatoryjnie musimy się odnieść. I wtedy okazuje się, że:
Jakość wielu Standardowych Formularzy Danych jest jednak niska – powstawały one w różnych okresach, często bez możliwości weryfikacji danych naukowych o rzetelną inwentaryzację. Co więc dzieje się, gdy w trakcie prac nad Oceną Oddziaływania odnajdujemy nowe gatunki lub siedliska z Załączników Dyrektyw Siedliskowej i Ptasiej, które powinny być przedmiotem ochrony w obszarze?
Informacje zawarte w SDF mogą i powinny być przedmiotem aktualizacji, np. w wyniku inwentaryzacji, badań lub opracowywania planu ochrony. Aktualizacje mogą wynikać z bardziej precyzyjnego lub bardziej aktualnego rozpoznania, albo z naturalnych zmian nie spowodowanych niewłaściwym zarządzaniem obszarem. Zawsze wymagają precyzyjnego uzasadnienia naukowego. Nie można jednak usunąć z SDF gatunku lub siedliska, który wyginął wskutek złego zarządzania obszarem! Taki gatunek lub siedlisko należy w danych obszarze przywrócić.
Ochronie na obszarze Natura 2000 podlega także jego integralność – a więc zapewnienie funkcjonowania obszaru jako całości. W dotychczasowej praktyce polskich ocen oddziaływania na środowisko element ten, pomijając ostatnio wykonywane oceny dla dużych inwestycji liniowych, jest zupełnie pomijany.
Tymczasem wiele wyroków Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości (np. C- 239/04 Castro Verde, C-209/04 ‘Soren’ and ‘Gleggen-Köblern’) zapada właśnie w sprawach dotyczących naruszenia integralności.