Innym szczególnym przypadkiem kompensacji przyrodniczej, przewidywanym w prawie polskim, jest kompensacja odstępstwa od zakazów obowiązujących w stosunku do terenu parku narodowego lub rezerwatu przyrody przez inwestycję liniową. Ta kompensacja musi być obligatoryjnie ustalona w przypadku, gdy przedsięwzięcie narusza teren parku narodowego lub rezerwatu przyrody (art. 15 ust 3 i 4 Ustawy o ochronie przyrody). Na takie naruszenie można jednak zezwolić tylko gdy jednocześnie spełnione są warunki:
Zagwarantowanie takiej kompensacji jest obligatoryjnym warunkiem wydania zezwolenia na odstępstwo od zakazów obowiązujących w parku narodowym (zezwolenie wydaje Minister Środowska) lub w rezerwacie przyrody (wydaje Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska)