Zasadniczo nie jest możliwe przeprowadzenie inwestycji znacząco negatywnie oddziałującej na obszary Natura 2000, ale istnieje wyjatek od tej zasady i dotyczy sytuacji, gdy spełnione są łącznie trzy warunki.
Jeżeli ocena oddziaływania* wykazała znaczące negatywne oddziaływanie przedsięwzięcia na obszar Natura 2000, to w zasadzie nie można zezwolić na ich realizację, chyba że łącznie zachodzą nastepujące przesłanki:
Oznacza to, że ingerencja w obszar objęty ochroną sieci Natura 2000 będzie możliwa, jeśli inwestycja jest bezwzględnie konieczna z punktu widzenia potrzeb społecznych, brakuje dla niej realnej alternatywy, a ewentualne szkody powstałe w przyrodzie w związku z jej realizacją zostaną zrekompensowane działaniami służącymi przywróceniu równowagi w przyrodzie. To odstępstwo od zasady zakazu prowadzenia działalności inwestycyjnej znacząco oddziałującej na obszar Natura 2000 ma na celu umożliwienie inwestycji naprawdę koniecznych. Fakt, że rozwiązania alternatywne są kosztowne lub trudne technicznie nie zwalnia inwestora od konieczności ich zastosowania, gdy jest taka możliwość. Konieczne jest też powiadomienie Komisji Europejskiej o planowanym zadaniu i ewentualnym uwzględnieniu jej opinii.
*tzw. ocenę habitatową wykonujemy zawsze gdy zachodzi podejrzenie, iż przedsięwzięcie może znacząco oddziaływać na obszar Natura 2000